واحد جداسازی سلولی( آفرزیس) با ۲ تخت و ۳ماشین جداسازی سلولی فعالیت خود را بخ صورت همزمان با راه اندازی بخش پیوند از سال ۱۳۹۵ شروع کرده است که خدمات جداسازی سلول های بنیادی، پلاکت گیری، پلاسما فرز و تعویض خون (گلبول های قرمز) را ارئه می‌دهد. در ضمن برای بیماران دچار پیوند علیه میزبان (GVHD) خدمات فتوفرزیس نیز در این واحد درحال ارائه می‌باشد.