این آزمایشگاه نیز همزمان با راه‌اندازی بخش پیوند از سال ۱۳۹۵ آغاز به کار کرده است. با داشتن تجهیزات کامل آزمایشگاهی کلیه نمونه‌های اخذ شده از مغز استخوان و خون محیطی اهداکننده جهت استخراج به این آزمایشگاه فرستاده می‌شود. که پس از انجام مقدمات لازم نمونه در اختیار بخش پیوند قرار می‌گیرد.