درمانگاه سرپایی پیوندمرکز پیوند سلول های بنیادی خونساز بیمارستان مرکز طبی کودکان همزمان با راه اندازی بخش پیوند از سال ۱۳۹۵ فعالیت های خود را شروع کرده است که کلیه بیماران معرفی شده از مراکز مختلف درمانی سراسر کشور و کشورهای منطقه جهت اقدامات پیش از پیوند به این درمانگاه مراجعه می‌کنند.
همچنین تمامی ویزیت های دوره ای بیمارانی که پیوند سلول های بنیادی خونساز خود را دریافت کرده اند در ابتدا به صورت هفتگی بعد به صورت ماهانه و… مراجعه می‌کنند.
درمانگاه‌های پیوند ۵ روز در هفته به صورت فعال دایر می‌باشد.
انواع بیماری‌های مختلف نقص ایمنی، متابولیک، سرطانی و اختلالات خونی از کلیه‌ی بیمارستان‌های دانشگاهی کشور و همچنین کشورهای همسایه به این درمانگاه مراجعه می‌نمایند.
لازم به ذکر است درمانگاه پیوند دارای ۳ تخت بستری موقت جهت ارائه خدمات لازم به بیماران کاندید پیوند و بعد از پیوند می‌باشد.