واحد جداسازی سلولی( آفرزیس) با ۲ تخت و ۳ماشین جداسازی سلولی فعالیت خود را به صورت همزمان با راه اندازی بخش پیوند از سال ۱۳۹۵ شروع کرده است که خدمات جداسازی سلول های بنیادی، پلاکت گیری، پلاسما فرز و تعویض خون (گلبول های قرمز) را ارئه می‌دهد. در ضمن برای بیماران دچار پیوند علیه میزبان (GVHD) خدمات فتوفرزیس نیز در این واحد درحال ارائه می‌باشد. از سال 1400 با گسترش فضای درمانگاهی این واحد گسترش پیدا کرد و در حال حاضر با 3 تخت و 5 ماشین جداسازی در حال خدمات مختلف است.